在重庆，办理小作坊食品生产许可证，准确来说是办理《食品生产加工小作坊登记证》，以下是具体的办理流程和要求：
办理条件
具有与生产经营的食品品种、规模相适应的固定生产加工场所，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持安全距离。
具有相应的生产设备、设施以及卫生防护设施。
有食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度。
具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品交叉污染、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物。
申请材料
申请书。
营业执照复印件。
生产经营场所产权证明或者租赁合同。
负责人的身份证复印件及联系方式。
从事接触直接入口食品生产加工人员的健康证明。
主要食品原料清单、设备清单和生产工艺流程。
拟生产加工的食品品种说明。
有关食品安全的规章制度。
办理流程
提交申请：申请人向生产地址所在区县局或者其委托的市场监督管理所提交申请材料。可以选择到行政服务窗口提交纸质材料，也可以在重庆政务服务网（渝快办）上传电子材料提交申请。
受理审核：区县局或市场监督管理所收到申请材料后，会按照相关要求对材料进行审查，决定是否受理。如果申请材料不齐全或者不符合法定形式，会当场或者在 5 个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容。
现场核查：对于需要核实申请材料实质内容的，或者属于首次申请、生产场所迁址等特定情形的，会开展现场核查。核查组一般由食品安全监管人员组成，根据需要也可能聘请专业技术人员，且核查组中食品安全监管人员不得少于 2 人。
决定发证：市场监管部门会根据申请材料审查和现场核查等情况作出决定。对符合条件的，作出准予登记的决定，并自作出决定之日起在规定时间内向申请人颁发登记证；对不符合条件的，会及时作出不予登记的书面决定并说明理由，同时告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利

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