重庆企业营业执照年报异常可通过以下步骤处理：
查明异常原因：登录国家企业信用信息公示系统（重庆）或咨询当地市场监管部门，明确是未按时年报、年报信息虚假或隐瞒等具体原因。
补报或更正年报：
未按时年报：及时补报未报年份的年度报告，确保年报信息准确、完整。
年报信息有误：对错误信息进行更正，保存并重新提交公示，需保证修改后的信息真实、合法。
准备申请材料：一般需要提供移出异常名录申请表、企业法定代表人或委托代理人的证明、营业执照原件及加盖公章的复印件、法定代表人或被委托人身份证原件、补报年度报告情况说明等材料。如果是因为公示信息弄虚作假导致的异常，还需提交更正的证明材料。
提交申请：可以通过线上或线下方式提交申请。线上通过国家企业信用信息公示系统（重庆）的 “信用信息修复” 功能或 “山城有信” 微信小程序的 “信用修复” 模块进行申请；线下携带相关材料前往企业营业执照登记机关的企业监管部门提交申请。
审核与处理：市场监管部门自收到相关资料后 5 个工作日内作出移出决定，恢复企业正常记载状态。受理的，应当在 20 个工作日内进行核实，核实结果应当书面告知申请人；不受理的，应当书面告知申请人不予受理的理由。

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